Traçabilité

Le bassin méditerranéen de l'Orb (Hérault), cours d’eau du sud de la France, d’une superficie de 1580 km2, est soumis depuis la fin des années 1960 à des repeuplements de truites domestiques (Salmo trutta) d’origine atlantique et méditerranéenne. L'objectif est ainsi d’augmenter les populations locales méditerranéennes pour la pêche récréative. 

Dans l'étude de Leitwein et al. (2018),  l'utilisation de 86 175 marqueurs SNPs (polymorphismes simple nucléotide) issus de séquençage RAD, a permis d'identifier la proportion d'allèles domestiques (Atlantique et Méditerranéen) dans les populations sauvages du bassin de l'Orb. 

Ainsi nous avons pu identifier des individus d'origine domestique Atlantique (i.e. échappés de pisciculture) dans la rivière de Gravezon, des individus d'origine domestique Méditerranéen dans la rivière de la Mare, ainsi que des individus hybrides ayant des allèles domestiques Atlantique et Méditerranéen dans les trois rivières sauvages (Figure 1). 
 

Figure 1 modifiée de Leitwein et al. 2018, Molecular Ecology.
Chaque barre représente la proportion d'ancestralité domestique Atlantique en bleue, domestique Méditerranéenne en rouge et sauvage en vert pour les trois populations de Gravezon (Grav), de la Mare (Mare) et de l'Orb (Orb).  

L'étude des haplotypes (segments) domestiques atlantique et méditerranéen nous a également permis d'estimer l’âge des introductions pour chacune des trois rivières.

Ainsi nous avons pu mettre en évidence que les individus domestiques Atlantique avaient été introduits il y a en moyenne 24.01 générations dans la rivière du Gravezon, 22.31 générations dans la rivière de la Mare et 30.9 générations dans la rivière de l'Orb (Figure 2).

Similairement, l’âge d'introduction de truites domestiques Méditerranéennes a été estimée à 11.51 générations  dans la rivière du Gravezon, 25.07 générations dans la Mare et 23.23 dans l'Orb (Figure 2). 

Figure 2 extraite de Leitwein et al. 2018, Molecular Ecology.
Temps en nombre de générations depuis l'introduction d'individus domestiques Atlantique (bleu) et domestiques Méditérénenen (rouge) dans les trois populations Gravezon, La Mare et l'Orb. 

A l'issu de cette étude, nous avons développé une puce haute densité de 12 204 marqueurs SNPs répartis de façon homogène le long des 40 groupes de liaison (LG pour Linkage Group en Anglais) de la truite (Salmo Trutta) (Figure 3 ; Saint-Pé et al. 2019). 

Cette puce permet une gestion à moindre coût, régulière et comparable, entre les différentes études de génétique des populations.

La puce est à la fois efficace pour distinguer les truites d'origines Atlantique et Méditerranéenne ainsi que les niveaux d'hybridation.
 

Figure 3 extraite de Saint-Pé et al (2019), BMC genomics.
Positions (en centiMorgan) des 12 204 marqueurs SNPs le long des 40 groupes de liaison de la truite commune (Salmo trutta).

LDgenX SAS 
SIREN 952193837 - RCS Montpellier - NAF 7112B